בית הספר שלנו נפתח, רשמית, בתאריך ה- 1.9.1996 – שנת הלימודים תשנ"ז. לפתיחתו קדם תהליך ממושך של תכנון, ניסוח חזון ובניית תכניות לימודים, תהליך לו היו שותפים נציגי היישובים ומובילי המוסדות החינוכיים "שומריה" ו-"הרי אפריים". צוות ההיגוי שפעל בתמיכת המועצה האזורית, קבע שיוקם בית ספר עבור כלל תלמידי המועצה ושבית ספר זה ייבנה ויפעל באופן פדגוגי ייחודי. הבנייה הפדגוגית הקדימה את הבנייה הפיזית ולכן, בשנתיים הראשונות, פעל בית הספר בשני קמפוסים: רוב התלמידים בקמפוס "ההר" (הרי אפריים) ומיעוטם בקמפוס "שומריה".
הפדגוגיה פותחה בתחילת הדרך פעלה לפי שיטת המלר"תים הייחודית, אלו היו מרכזי למידה רב תחומיים סביב נושא שכלל תחומי דעת בעלי מכנה משותף, למידה רב תחומית שפות, ארץ ישראל, מדעים, אומנויות, מדעי הרוח וכישורי חיים. התכנון היה להוביל את בית הספר למאה ה-21. עם השנים בית הספר צמח והשתנה, וכפועל יוצא מכך ניסח את מחדש את החזון ואת המבנה הארגוני.
משנת הלימודים תשפ"ד הוחלט על שינוי במבנה הארגוני לקמפוס החינוכי בו שוכן בית הספר. כיום שוכנים בקמפוס מספר מוסדות חינוך הפועלים כיחידות עצמאיות – חווה חקלאית, קידום נוער, מגידו-טק (מרכז יזמות), רעות (מוסד חינוכי-חברתי-קהילתי), מרכז ביוספרי, ספרייה מחלקת ילדים ונוער ועוד. השינוי יכלול בניית פורום הנהלה משותף לכלל המוסדות הללו, והוא יוביל לשיתופי פעולה פוריים יותר, ייעול משאבים חינוכיים, וייעול משאבים כלכליים. כמו כן, שינוי זה יוביל לתפיסה חינוכית הוליסטית אשר תיטיב עם הקהילה, ותחזק את השפה המשותפת של ארגוני החינוך השונים הפועלים בקמפוס. והחל משנת הלימודים תשפ"ד, מנהל בית הספר יתפקד במקביל גם כמנכ"ל הקמפוס החינוכי כולו.
